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如何快速找出miRNA相關(guān)的信號(hào)通路?

更新時(shí)間:2017-11-16點(diǎn)擊次數(shù):5640

那天突然有人問我,miRNA是不是能做出那種network的網(wǎng)絡(luò)圖,就跟那種文章里一樣?

其實(shí)我自己也忘了到底應(yīng)該怎么整了,簡(jiǎn)單點(diǎn)的話,就自己去搜搜看miRNA怎么樣對(duì)應(yīng)基因做成列表就行了吧。但是負(fù)責(zé)任的我,還是搜到了一些miRNA分析的工具。

對(duì),就是上面這個(gè)工具,可以分析單個(gè)基因或者多個(gè)基因?qū)蝹€(gè)miRNA和多個(gè)miRNA,實(shí)際上跟形成network圖沒什么關(guān)系。只是覺得這個(gè)做出來的東西,還蠻有意思的。我們可以搜多個(gè)miRNA與多個(gè)基因間的關(guān)系:

然后,它就會(huì)生成這么一個(gè)特別草率的二型網(wǎng)絡(luò)圖……

點(diǎn)擊里面的miRNA這邊的方塊,就能顯示miRNA分別對(duì)于各個(gè)靶基因的關(guān)系:

嗯,邊上還有一個(gè)kegg的圖標(biāo),這個(gè)是給你做好的這些靶基因位于哪些信號(hào)通路的結(jié)果,點(diǎn)一下就會(huì)顯示:

有這個(gè)基因所在的信號(hào)通路的位置,包含了它能結(jié)合的miRNA結(jié)合位點(diǎn)……可以直觀地看看miRNA到底作用在什么信號(hào)套路上。

當(dāng)然,對(duì)于基因,也有相應(yīng)的描述,比如,這個(gè)基因到底有多少個(gè)剪接異構(gòu)本:

分別是哪些剪接異構(gòu)本能結(jié)合你搜的這個(gè)miRNA:

可能你也沒考慮過不同的剪接異構(gòu)本,受到的miRNA的調(diào)控不一樣吧……

 

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